چندی پیش و به رسم هرساله، آیین نامه جدید آموزشی مدارس علمیه برادران کشور به مدیران مدارس ابلاغ و طی آن مسیر حرکت مدارس علمیه در سال پیش رو روشن گردید. از جمله ویزگی های این آیین نامه در مقایسه با گذشته، توجه و نگاه جدیدی است که به جایگاه پژوهش در مدارس مقدمات شده است؛ در تبصره دوم از بند سی ام فصل چهارم این آیین نامه این گونه آمده است: " در پایه های 3 تا 6 در هر نیم سال تحصیلی در یک درس اصلی تمام 5 نمره – فعالیت کلاسی- به انجام پژوهش در آن درس اختصاص می یابد". بی شک اقدام و تلاش معاونت پژوهش در جای گذاری این تبصره در آیین نامه آموزشی مدارس علمیه کشور قابل تقدیر است لکن نگاهی به آسیب های احتمالی و شرایط موجود حوزه های علمیه در کنار ارزیابی تلاش هایی با چنین رویکردهایی خالی از فایده نبوده و در پیرایش مسیر، کمک شایانی خواهد کرد.
شناخت ساختارها و بایسته ها و نبایسته های حوزه، آنگاه که ضمیمه به اندک تاملی در مفهوم، کارکرد و غایت پژوهش میگردد این نکته را روشن میسازد که مسیر علمی سربازان امام زمان ارواحنا لتراب مقدمه الفداء از ابتدا نوعی یگانگی با پژوهش داشته و دستیابی به اجتهاد پویا و روزآمد را بر محور نقد علمی و تولید علم قرار داده و آن را از امتیازات و افتخارات خود دانسته است؛ ویژگی منحصر به فردی که طلاب در هر کارکردی از روحانیت، جهت توفیق و انجام وظیفه مطلوب، نیازمند تبحر، ممارست و افزایش توانمندی روزانه در این وادی اند. با این اوصاف، نظام آموزشی حوزه آیا توانسته است راه کارهای مناسبی را جهت رسیدن میوه ی کال علم اندوزی به کمال خود - که تولید علم است - در مقابل طلاب علوم دینی قرار دهد و آنان را مجهز به تفکر نقدی و شیوه های آزاداندیشی کند تا بتوانند طعم شیرین تلاش علمی خود را بچشند؟ به بیان دیگر آیا برنامه ریزان، یگانگی پژوهش و علم آموزی حوزوی را به درستی درک کرده اند و آن را بر جای خویش نشانده اند؟ برای پاسخ به این قبیل سوالات، نیم نگاهی به وضعیت آموزشی- پژوهشی در حوزه های علمیه ضروری است.